水飛薊一般耐受性良好，但可能出現(xiàn)輕微胃腸不適或過敏反應(yīng)，禁忌人群包括孕婦、哺乳期女性及對菊科植物過敏者。水飛薊主要用于保肝護肝，其主要成分水飛薊賓可能影響部分藥物代謝。
水飛薊的副作用多與劑量相關(guān)，常見表現(xiàn)為惡心、腹脹或腹瀉等胃腸癥狀，通常停藥后可自行緩解。少數(shù)人可能出現(xiàn)皮膚瘙癢、皮疹等過敏反應(yīng)，與其中含有的黃酮類化合物有關(guān)。長期大劑量使用可能干擾膽紅素代謝，導(dǎo)致尿液顏色加深。水飛薊與抗抑郁藥帕羅西汀、抗凝藥華法林聯(lián)用時需謹慎，可能增強或減弱藥物效果。糖尿病患者使用需監(jiān)測血糖，因其可能增強降糖藥作用。
水飛薊禁用于妊娠期婦女，動物實驗顯示其可能影響胚胎發(fā)育。哺乳期女性應(yīng)避免使用，活性成分可能通過乳汁分泌。存在膽道梗阻或嚴重肝病患者不宜服用，可能加重膽汁淤積。對菊科植物如蒲公英、洋甘菊過敏者可能出現(xiàn)交叉過敏反應(yīng)。12歲以下兒童缺乏安全性數(shù)據(jù)，不建議自行使用。手術(shù)前兩周應(yīng)停用，因其可能影響凝血功能。
使用水飛薊期間應(yīng)避免飲酒及高脂飲食，定期監(jiān)測肝功能指標。出現(xiàn)持續(xù)腹痛或皮膚黃染應(yīng)立即就醫(yī)。建議選擇標準化提取物制劑，如水飛薊素膠囊，避免與重金屬解毒劑同時使用。肝功能異常者需在醫(yī)生指導(dǎo)下調(diào)整劑量，服藥時間建議與主食同服以減少胃腸刺激。