石菖蒲與水菖蒲在植物學(xué)分類、藥用部位及功效上存在明顯差異。石菖蒲為天南星科菖蒲屬植物，以根莖入藥；水菖蒲為同科菖蒲屬水生植物，全草可藥用。
石菖蒲根莖呈扁圓柱形，表面棕褐色，具芳香氣味，主要含β-細(xì)辛醚等揮發(fā)油成分，中醫(yī)認(rèn)為其具有開竅化痰、醒神益智的功效，常用于治療痰蒙清竅所致的神昏、健忘等癥狀?，F(xiàn)代藥理研究表明其提取物對中樞神經(jīng)系統(tǒng)有調(diào)節(jié)作用。
水菖蒲葉片劍形，根莖粗壯，多生長于沼澤濕地，含α-細(xì)辛醚、甲基丁香酚等成分，傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)記載其能化濕和胃、殺蟲止癢，多用于濕阻中焦引起的脘腹脹滿或皮膚濕疹。其揮發(fā)油對多種致病菌有抑制作用，但過量可能引發(fā)惡心等不良反應(yīng)。
使用兩種菖蒲時需注意鑒別：石菖蒲干燥根莖質(zhì)地堅(jiān)硬，斷面可見環(huán)紋；水菖蒲新鮮時具濃烈香氣，干燥后氣味減弱。建議在中醫(yī)師指導(dǎo)下根據(jù)證候選用，陰虛陽亢者慎用石菖蒲，孕婦忌服水菖蒲。日常保存應(yīng)置于陰涼干燥處，防潮防蛀。