媽咪愛與益生菌的主要區(qū)別在于成分與適用人群不同。媽咪愛是含有特定活菌（枯草桿菌、屎腸球菌）的兒童專用藥物，需遵醫(yī)囑使用；益生菌是泛指有益微生物的統(tǒng)稱，包括食品級補(bǔ)充劑與藥品，適用人群更廣泛。
媽咪愛作為藥品，其菌株配比和劑量經(jīng)過臨床驗證，主要用于治療兒童腹瀉、消化不良等疾病，需嚴(yán)格按說明書或醫(yī)囑服用。益生菌涵蓋乳酸菌、雙歧桿菌等數(shù)十種菌株，部分菌株可作為食品添加劑（如酸奶中的保加利亞乳桿菌），日常補(bǔ)充需注意菌株特異性。
媽咪愛中的屎腸球菌R026具有較強(qiáng)腸道定植能力，適合急性癥狀干預(yù)；普通益生菌食品（如含嗜酸乳桿菌的發(fā)酵乳）更側(cè)重長期腸道微生態(tài)調(diào)節(jié)。藥品級益生菌（如雙歧桿菌三聯(lián)活菌散）與媽咪愛類似需明確適應(yīng)證，而食品級益生菌無治療作用。
兒童使用媽咪愛應(yīng)避免與抗生素同服，需間隔2小時以上；選擇普通益生菌產(chǎn)品時需關(guān)注標(biāo)注的活菌數(shù)及菌株類型，對乳制品過敏者可選非乳基補(bǔ)充劑。無論使用何種制劑，出現(xiàn)腹脹、皮疹等不適需立即停用，益生菌食品不建議替代藥物治療疾病。