扁穗雀麥具有一定的藥用價值，其全草可入藥，常用于治療風濕痹痛、跌打損傷等病癥。扁穗雀麥含有黃酮類、生物堿等活性成分，具有抗炎、鎮(zhèn)痛等藥理作用。
扁穗雀麥在傳統(tǒng)醫(yī)學中常用于緩解關節(jié)疼痛和肌肉酸痛。其抗炎作用有助于減輕風濕性關節(jié)炎引起的腫脹和疼痛。新鮮或干燥的扁穗雀麥可煎湯內服，也可搗碎外敷患處。對于輕度跌打損傷，扁穗雀麥能幫助活血化瘀，促進局部血液循環(huán)。使用時可配合其他活血藥材增強療效。
扁穗雀麥中的黃酮類化合物具有抗氧化特性，有助于清除體內自由基。其生物堿成分對某些致病菌有抑制作用。在民間療法中，扁穗雀麥煎劑還被用于輔助治療輕度消化道不適。使用時應注意控制劑量，過量可能引起胃腸不適。孕婦及過敏體質者應慎用。
建議在專業(yè)中醫(yī)師指導下使用扁穗雀麥。采集野生扁穗雀麥時需注意辨別，避免誤采有毒植物。使用期間如出現(xiàn)皮疹、惡心等不良反應應立即停用。儲存時應置于陰涼干燥處，防止霉變。日?？膳浜线m度運動促進藥效發(fā)揮，但急性損傷期應避免劇烈活動。