小花耬斗菜具有一定的藥用價值，其全草可入藥，主要含有黃酮類、生物堿類、揮發(fā)油類等活性成分，傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)中常用于治療咽喉腫痛、跌打損傷、皮膚感染等問題。
小花耬斗菜在民間常被用于緩解咽喉炎癥，其含有的黃酮類成分有助于減輕黏膜腫脹和疼痛感。新鮮植株搗碎后外敷可處理輕微皮膚擦傷或癤腫，利用其揮發(fā)油成分起到一定的抗菌和收斂作用。植株中的生物堿類物質(zhì)對跌打損傷引起的局部瘀血和疼痛有散瘀消腫效果，常與其他草藥配伍使用。部分地區(qū)會用它煎湯治療胃腸不適，通過調(diào)節(jié)消化液分泌來改善食欲不振。它的根部提取物有時用于輔助治療呼吸道感染，幫助緩解咳嗽和痰多癥狀。
使用小花耬斗菜時需注意適量，避免過量服用導(dǎo)致胃腸刺激或過敏反應(yīng)。孕婦和哺乳期女性應(yīng)謹(jǐn)慎使用，兒童需在家長監(jiān)督下避免誤食。野生采摘時需準(zhǔn)確辨識植物品種，防止誤采有毒相似物種。建議在使用前咨詢專業(yè)中醫(yī)師，根據(jù)個體體質(zhì)和病情需要合理配伍。日常存放時應(yīng)置于干燥通風(fēng)處，避免霉變影響藥效。若出現(xiàn)用藥后皮疹或呼吸困難等情況，應(yīng)立即停用并就醫(yī)處理。