我國HIV-1主要流行株是B/C型和CRF01_AE型。
B/C型是指病毒的外膜蛋白gp120與gp41基因是由B型和C型兩種病毒互換而成的。B/C型是我國HIV-1病毒的主要基因亞型，主要分布在華南和西南地區(qū)。與B/C型有關(guān)的藥物抗性較少，此類型也較適合使用抗病毒治療。
CRF01AE型是指病毒由時(shí)常相互傳播的亞型A和E斷裂重組而成的，為多源性株系。CRF01AE型主要在東南沿海地區(qū)廣泛流行，也存在于其他一些省份。CRF01_AE型相對較新，藥物抗性較差，對抗病毒治療也較具挑戰(zhàn)性。
此外，我國還存在一些其他HIV-1病毒亞型和復(fù)合亞型，包括B型、C型、A型、D型、F型、G型、H型、J型、K型、CRF02_AG型等。不同的亞型在臨床表現(xiàn)和藥物治療效果方面可能存在差異，因此在HIV-1的防治和控制中，對不同亞型進(jìn)行精準(zhǔn)的分型和研究非常重要。