益生菌通常建議在飯后服用，但具體服用時間需根據(jù)菌株類型和個體胃腸狀況調(diào)整。
多數(shù)益生菌制劑對胃酸敏感，空腹時胃酸分泌較多可能降低菌群活性。餐后胃內(nèi)食物可中和部分胃酸，同時膽汁分泌增加有助于脂肪溶性益生菌的吸收。部分耐酸菌株如布拉氏酵母菌散、酪酸梭菌活菌散等對胃酸耐受性較強，飯前或飯后服用均可。腸溶型益生菌膠囊因有特殊包膜保護，受進食時間影響較小。胃腸功能較弱者飯后服用可減少腹部不適感，而需快速起效的急性腹瀉患者可能需空腹服用以加速腸道定植。
少數(shù)特定益生菌產(chǎn)品會標注最佳服用時間，如含乳桿菌的酸奶類食品建議餐后食用以延長存活時間。部分藥品說明書明確要求飯前半小時服用，如雙歧桿菌三聯(lián)活菌腸溶膠囊需避開胃酸直接到達腸道。存在胃食管反流的人群飯后立即服用可能加重反酸癥狀，需間隔一小時以上。服用抗生素期間需與益生菌間隔兩小時以上，避免抗菌藥物滅活益生菌。
選擇益生菌制劑時應注意查看說明書標注的服用要求，不同菌株對酸堿環(huán)境的耐受性差異較大。保存活菌制劑需避光防潮，沖泡水溫不超過40攝氏度。長期服用同種益生菌可能降低腸道菌群多樣性，建議每三個月更換菌種類型。出現(xiàn)腹脹或過敏反應時應暫停使用并咨詢醫(yī)生，嬰幼兒及免疫缺陷者使用前需專業(yè)評估。