益生菌建議在飯后30分鐘服用效果更佳，空腹服用可能降低存活率。服用時間主要受胃酸濃度、食物緩沖作用、菌株特性等因素影響。
飯后胃酸濃度因食物稀釋作用顯著降低，此時服用益生菌可減少胃酸對活菌的破壞，提高到達(dá)腸道的活菌數(shù)量。食物中的脂肪和蛋白質(zhì)能形成保護(hù)層包裹菌體，部分菌株如乳桿菌、雙歧桿菌等在pH4-5環(huán)境中存活率更高。部分益生菌制劑采用腸溶技術(shù)或微囊化處理，這類產(chǎn)品對服用時間要求相對寬松，但飯后服用仍能優(yōu)化效果。某些特殊菌株如布拉氏酵母菌耐酸性強(qiáng)，飯前飯后服用差異較小，但需避免與超過50℃的飲品同服。益生菌與抗生素聯(lián)用時需間隔2小時以上，飯后服用可減少抗生素對益生菌的殺滅作用。
空腹?fàn)顟B(tài)下胃酸pH值可達(dá)1-2，大部分益生菌在強(qiáng)酸環(huán)境中存活不足1小時，僅有少量耐酸菌株能通過胃部。急性胃腸炎患者胃酸分泌異常時，飯前服用可能引發(fā)不適。某些需快速起效的醫(yī)用益生菌如術(shù)后腸道菌群重建可能要求特定時間服用，需嚴(yán)格遵醫(yī)囑。對乳糖不耐受者若用含乳糖的益生菌制劑，飯后服用可減輕腹脹癥狀。極少數(shù)益生菌產(chǎn)品含促消化成分，說明書可能建議餐中服用以協(xié)同消化。
日常服用益生菌時建議選擇含多種菌株的復(fù)合制劑，存儲時注意避光防潮，開封后盡快服用完畢。搭配富含膳食纖維的蔬菜水果如香蕉、燕麥等可促進(jìn)益生菌定植，避免與含防腐劑的加工食品同食。出現(xiàn)腹脹或腹瀉加重時應(yīng)暫停服用，慢性病患者使用前建議咨詢醫(yī)生。注意查看產(chǎn)品標(biāo)示的活菌數(shù)，一般每劑不少于10^8CFU才能保證效果，沖泡時水溫須低于40℃。建立規(guī)律服用習(xí)慣，連續(xù)補(bǔ)充2-4周才能實現(xiàn)腸道菌群改善，期間需保持充足睡眠和適度運動。